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                      COMMENTO E SUGGERIMENTO

Recentemente, in collaborazione con vari colleghi micobatteriologi, abbiamo scritto una lettera all’Editor di Int. J. Syst. Evol. Microbiol. (IJSEM) in cui lamentavamo la confusione emersa in seguito alla validazione, da parte della rivista suddetta, della nuova tassonomia dei micobatteri basata su 5 diversi generi [Gupta RS et al. Front. Microbiol. 2018; 9:67 - vedi sotto]. La lettera non è stata accettata per la pubblicazione ma le motivazioni dei referee mi hanno indotto a documentarmi. Quanto ho appreso mi ha stupito non poco; credo di far cosa utile informandone chi avrà la bontà di leggere questa breve nota.

La tassonomia dei batteri è regolata dal Bacteriological code, una raccolta di regole che ritenevo fossero mirate ad indicare gli approcci metodologici da seguire per la descrizione di nuovi taxa ed a risolvere le ambiguità emerse in caso di opinioni contrastanti fra i tassonomisti. Niente di più sbagliato! Le regole del Code definiscono soltanto quali sono i nomi che possono essere utilizzati per indicare i vari taxa. Un nome può essere utilizzato a condizione che sia validly published. Si considerano tali i nomi dei taxa descritti su IJSEM (fino al 1998 chiamato Int. J. Syst. Bacteriol.) o, se descritti su altre riviste, i nomi che abbiano, su richiesta dell’autore, ottenuto la validazione da IJSEM. Condizione indispensabile per ottenere la qualifica validly published è che la pubblicazione includa un protologo, cioè un paragrafo in cui il nome del nuovo taxon sia seguito dalla dizione nov., dalla etimologia del nome e dalla descrizione delle caratteristiche salienti del microrganismo. Qualora nuove conoscenze comportino lo spostamento di un microrganismo ad un nuovo taxon il nuovo nome, una volta validly published, si affiancherà al vecchio senza che quest’ultimo perda tale prerogativa. Entrambi i nomi potranno quindi essere indifferentemente utilizzati e saranno entrambi corretti. Tornando quindi allo studio di Gupta, da cui questa nota è partita, Mycobacterium abscessus e Mycobacteroides abscessus sono da considerarsi sinonimi, entrambi corretti, della stessa specie.

Potendo scegliere, io non ho dubbi, la vecchia tassonomia che riconosce un solo genere, Mycobacterium, ha, se non altro, il vantaggio di non creare confusione. Infatti solo le specie prese in esame nello studio di Gupta (150 su un totale di 190) sono validly published sia con la vecchia che con la nuova denominazione; tutte le altre, comprese un paio descritte nelle ultime settimane, sono validly published solo come appartenenti al genere Mycobacterium .

 

 

28 Ottobre 2018

 

Il genere Mycobacterium diviso in 5  generi diversi

Un recente articolo apparso su Frontiers in Mycrobiology, immediatamente approvato dall’Authority mondiale per la tassonomia, ridefinisce completamente la classificazione dei micobatteri. Utilizzando 150 genomi di altrettante specie micobatteriche presenti in GenBank, Gupta R.S. et al. identificano una serie di marcatori molecolari, costituiti sia da inserzione/delezione di aminoacidi che da proteine presenti esclusivamente in gruppi di specie evoluzionariamente correlate. Sulla base di tali marker il genere Mycobacterium risulta suddiviso in 5 generi. Il nuovo genere Mycobacterium comprende soltanto le specie a crescita lenta con l’esclusione del M. terrae complex. Il M. terrae complex entra a far parte di un genere a sé stante chiamato Mycolicibacter. Le specie a crescita rapida facenti parte del M. abscessus-chelonae complex rientrano nel nuovo genere Mycobacteroides mentre per gli altri rapid growers è creato il nuovo genere Mycolicibacterium. Infine l’ultimo genere, Mycolicibacillus, include al momento due sole specie.

 

 

4 Giugno 2018

 

Cambiamenti nella tassonomia del

M. tuberculosis complex

Uno studio recente basato sull'analisi genomica delle specie tradizionalmente incluse nel Mycobacterium tuberculosis complex dimostra che costituiscono in realtà una sola specie. I loro genomi risultano così strettamente correlati fra di loro che esse non possono neanche essere riclassificate a livello di sottospecie. Gli autori suggeriscono  pertanto di considerarle delle varianti.

Sulla base dello studio la denominazione di Mycobacterium tuberculosis cambierebbe in Mycobacterium tuberculosis var. tuberculosis; quella di  Mycobacterium bovis in Mycobacterium tuberculosis var. bovis; . . .

15  Gennaio 2018